Prírodnými pomermi sa Čunovo začleňuje do západnej časti Podunajskej nížiny na pravom agregačnom vale Dunaja v Chránenej krajinnej oblasti Dunajské Luhy. Územie katastra má rovinatý charakter so sklonom terénu do 3°.

Na základe klimatickogeografických typov Slovenska územie leží v suchej až mierne suchej oblasti prevažne teplej nížinnej klímy s miernou inverziou teplôt. Priemerná teplota vzduchu v regióne je 9,9 °C. Najchladnejší je mesiac január, kedy priemerná mesačná teplota vzduchu dosahuje hodnoty – 2,1 °C. Najteplejší je mesiac júl s priemernou mesačnou teplotou 20,5 °C. V regióne priemerný počet letných dní v roku presahuje 70. Priemerný počet mrazových dní v roku je 96 a počet ľadových dní je 27. Záujmové územie patrí k najteplejším oblastiam.

Geologická stavba územia katastra mestskej časti Čunovo siaha až do začiatku prvohôr, keď sa v priebehu hercínskeho vrásnenia intenzívne rozrušovalo a zarovnávalo územie dnešnej Bratislavy a okolia činnosťou prívalových vôd. V druhohorách more ustúpilo a vytvorili sa druhohorné vápence. V treťohorách vznikajúci Dunaj spojil prepadliny paniev s južnými výbežkami Malých Karpát a presunul svoje ústie do Komárňanskej panvy. Vytvárajúce sa šúry sa od Dunaja postupne izolovali. V štvrtohorách sa pohyby zemskej kôry zintenzívnili. Mnohé zemetrasenia rôznej intenzity menia povrch zeme aj v súčasnosti. V štvrtohorách vrásnením vznikli mrazové kliny vyplnené ľadom a pieskom z nánosov Dunaja a Moravy a tak sa v chotári Čunova vytvorili úrodné nížiny.

Tieto boli často, hlavne na jar, zaplavované vodami Dunaja. Vodné dielo Gabčíkovo, vybudované v starom koryte Dunaja, za roky svojej prevádzky preukázalo, že nie je len významným vodohospodárskym, energetickým, technickým a dopravným dielom, ale aj dôležitým ekologickým dielom. Vodné dielo stabilizovalo vodný tok a záplavovú oblasť a obnovil sa ekosystém v celej vnútrozemskej delte.

V okolí Čunova sa rozprestierajú dve vodné štrkoviská – územia vodných zdrojov, ktoré sa nachádzajú vo vysokom stupni ochrany vôd.

Celková výmera lesného pôdneho fondu predstavuje 201,87 ha, čo je 11,27% z celkovej výmery katastrálneho územia. Severne od mestskej časti sa rozprestiera prírodná rezervácia Ostrovné lúčky, ktorá je pozoruhodná výskytom vzácnych druhov rastlín, najmä orchideí. Zo stromov je vzácny výskyt topoľa kanadského. Po vybudovaní vodného diela sa v prírodnej rezervácii zmenila fauna a flóra. Objavili sa nové druhy rastlinstva a živočíšstva.

V lužných lesov žije jelenia a diviačia zver. Poľovnícky revír sa rozprestiera od hlavného toku Dunaja po hranicu s Maďarskom.

V okolí Dunaja majú svoje hniezda rôzne druhy vtáctva. Sídli tu chránený drop fúzatý, divé husi, kačice, lyska čierna, orol morský, čajky, bocian biely, ba i kormorány. Vo vodách Čunova žije 61 druhov rýb. Vzácne a chránené druhy sa vyskytujú hlavne na Bawantovom sklze, Pod Haťou a na obtoku v Čunove (hlaváč obyčajný, kolok malý, kolok veľký, hrúz fúzatý). Vybudovanie vodného diela zlepšilo vodné pomery v starom toku Dunaja a vo vodách sa vyskytujú aj pstruhy potočné, pstruhy dúhové, jeseter malý a hlavátky.

Celková výmera poľnohospodárskeho pôdneho fondu predstavuje 816,38 ha. Výraznú prevahu tvorí orná pôda (696,98 ha), nad trvalými trávnatými porastmi a nelesnou stromovou a krovinou vegetáciou.

Prírodné danosti mestskej časti robia chotár zaujímavým pre milovníkov prírody. Je atraktívny pre vyznávačov prechádzok do prírody, cykloturistiky,  včelárov, rybárov i poľovníkov.